上海市精神卫生中心设有普通精神科、急重症科、抑郁症科、儿童青少年科、干部保健 / 特需科、中西医结合科、老年科、康复科、心身科、传染科、自愿戒毒科等临床科室。目前作为上海市医学重点学科有：上海市精神疾病临床医学中心、老年精神医学、预防精神医学。上海市心理咨询中心主要为各类心理障碍患者以及在学习、工作、人际交往、婚姻恋爱等情况下所产生心理困扰的来询者提供心理咨询服务，开展多种心理治疗。