王子芳出生于山东省昌邑县的一个贫困家庭，小时候的他目睹了日军压迫下贫民饥寒交迫、生命随时受到威胁的状况，燃起了抗日的决心。
1945年，王子芳跑到离家八十里的地方参加了抗日军队。1945~1950年间，王子芳随部队辗转于河北、北京、天津、江西等地，在抗日战争和解放战争中贡献了自己的力量，多次立功受表彰。1953年后，王子芳从事海军机关工作，后转入七〇六所（中国船舶集团七一五所前身）基建处任副处长，成为军工院所的一员。在七〇六所期间，他先后在基建处、六〇工厂、后勤处等部门任职，1979年，先后任临时党委常委、副所长和党委副书记、副所长等职务。