福建人民政府失败后，陈铭枢隐居山野，研究佛学，似乎忘情于山水之间，但事实上，他时时都在关注着时局的发展。
1941年皖南事变之后，大后方的抗日民主运动受到压制，许多著名的民主人士不得不离开政治空气沉闷滞重的重庆。同年12月，太平洋战争爆发，中国成为国际反法西斯同盟的一员，中国抗日战争的国际环境空前改善。但蒋介石、国民党不是趁此时机，努力面起，反而感到松了一口气，造成大后方的政治、经济、军事形式都日趋恶化。政治上，吏治腐败，贪污盛行；经济上，物价飞涨，生活困难；军事上，消极避战，士气低落。这一切都引起了各界有识之士对大后方的时局、对抗战的前途、对中国向何处去的深切忧虑。
1943年初，在重庆的谭平山、陈铭枢、杨杰、王昆仑、郭春涛等国民党民主派，为了交流对国内外形势的认识，酝酿搞一个时事座谈会，具体事宜由甘词森、郭春涛等人出面进行。目的是团结国民党内的民主分子，开展抗日救亡运动。
民主同志座谈会的第一次会议于1943年2月在重庆举行。从举办民主人士座谈会开始，谭平山、陈铭枢、杨杰便与甘祠森、郭春涛等保持经常联系，有时谭、陈两人还单独约人去谈。经过一段时间的交流，大家都认为建立一个国民党民主派组织的时机已经成熟。
1943年9月，筹备组开了第一次会议。此后的聚会经常在陈铭枢家举行。筹备组聚谈的主题是成立国民党民主派组织问题。首先讨论的是组织名称，大家取的名称都没有脱离国民党的范畴，如中国国民党民主同志会、中国国民党民主联合会、中国国民党民主同志联盟、中国国民党民主同志联合会等。后来孙科一度表示可以秘密参加，但主张不用国民党的名字，不然蒋介石必定反对。最后大家决定，组织名称叫“三民主义同志联合会”，简称民联。
1945年8月，日本无条件投降，中国人民艰苦卓绝的8年抗战终于赢得了胜利。但是，战后中国的局势仍然复杂万端，内战的阴影笼罩着中国大地。经历了8年抗战的磨炼，陈铭枢对中国未来的发展有了更清醒的认识，对蒋介石国民党的独裁统治、内战政策持批评态度。他更多更深地参与了战后民主政治运动，为建立一个民主的新中国而奔走奋斗。
战后初期，国内一度出现了国共和谈的宽松局面，召开了政治协商会议，各民主党派的合法化成为可能。民联的活动也由半公开走向公开，并积极筹备召开第一次全体大会。1945年10月28日，三民主义同志联合会第一次全体大会在重庆上清寺特园举行。
民联的成立，是国民党民主派适应新形势要求的举动。它的政治主张是坚持孙中山的革命三民主义和三大政策。它的成立使国民党民主派形成了一支有组织的力量，在推动国民党民主派参加民主政治运动方面起了积极作用。
1946年4月，民联中央结束了在重庆的工作，转往南京、上海，民联成员也随着战后复员，多数转往东部省区活动。由于国民党坚持一党专政政策，国共从6月开始爆发大规模冲突；民联也开始公开批判国民党与蒋介石的内战政策，并从组织上与国民党决裂，与其他国民党民主派组织共组成新的政治党派。1947年2月，民联在上海召开第四次政治会议，会议政治报告认为，国民党自1927年以后就为反动分子窃取，“他们的主张愈来愈顽固，行动愈来愈腐化，手段也愈来愈毒辣，但忠实于三民主义的革命同志，是一直到今天在不断的、坚决的、公开的反对他们，和他们作无情的斗争”，“我们愿意和全国各党各派联合起来，站定人民的立场共同努力”。在国民党眼中，此时民联的组织与行动无异于为中共外围，对其成员除上层人物还暂时容忍外，其他人已成为追捕对象。“戡乱”动员令在7月实行后，民联转入地下活动，陈铭枢更少抛头露面。
1946年4月，李济深、蔡廷锴、蒋光鼐等人组织了“中国国民党民主促进会”，李济深任主席。为了协调行动，1947年3月，李济深由上海到香港。9日发表《对时局意见》，公开表示抗战后中国不幸局面的根源，“就是违背孙总理遗教的中国反动派”，而蒋介石“竟成为反动派的领袖”，“应负主要责任”。从此，国民党民主派反蒋公开化，并酝酿成立新党与国民党彻底决裂。5月，李济深、何香凝、蔡廷锴等在香港聚会，讨论成立一个共同的革命组织，以团结国民党的爱国民主力量共同斗争。因为在港的多为民促进的同志，李济深等认为应邀请民联同地来港共商大计。民联接到李济深的信后派柳亚子去香港，与李济深、何香凝、蔡廷锴、朱学范等组成中国国民党民主派联合代表大会筹委会，在香港开始筹备工作。在讨论党名时，大家都主张在名称中保留国民党三个字，何香凝并举出当年福建事变更改党名失败的教训，陈铭枢也同意。最后大家决定用中国国民党革命委员会这个名称。
1948年1月1日，中国国民党革命委员会在香港召开成立大会，通过《成立宣言》、《行动纲领》、《告本党同志书》、《组织大纲》等文件。会议选举李济深为主席，中央常委10人，民联的谭平山、郭春涛、何公敢、朱蕴山等为中央常委。陈铭枢作为民联主要领导人之一，支持并积极促成