陈序经先生
同时，东南亚地区出现的排华浪潮促使东南亚历史研究室的教师开展华侨史的研究，写出了一批有关华侨对侨居地开发贡献的论文。有的教师还带领参加毕业实习的同学深入海南兴隆华侨农场，通过调查研究，编写《兴隆华侨农场史》。东南亚历史研究室的黄重言老师和刘玉遵老师与厦门大学南洋研究所的两位老师合作，到广东阳江进行有关“猪仔华工”问题的调查，并整理出《猪仔华工访问录》一书。这是有关历经苦难的契约华工最早的口述史，保存了宝贵的资料，具有极高的学术价值。
研究室的教师撰写有关华侨史的论文有：郭威白的《马来亚华人在发展当地经济中的作用》；江醒东的《荷兰殖民主义者对印度尼西亚华侨的压迫》；李永锡的《西班牙殖民者对菲律宾华侨压迫的政策与罪行》等。有关东南亚史、中国与东南亚关系史的论文有：钟一均的《17-18世纪英国对缅甸的侵略与英法争夺》；何肇发的《旁尼法秀与1896年菲律宾人民武装斗争》、《1899-1902年菲律宾共和国的抗美战争》、《试论1898年菲律宾独立及其国家活动》；李永锡的《菲律宾与墨西哥之间早期的大帆船贸易》；林家劲的《十六世纪马来人反抗葡萄牙殖民者的斗争》、《两宋时期中国与东南亚的贸易》、《两宋与三佛齐友好关系略述》；刘玉遵的《1926年印度尼西亚人民反对荷兰殖民者统治的民族起义》、《1930-1932年缅甸人民反英大起义》、《试论泰国1932年政变》；张映秋的《试论泰国1932年六·二四政变》等。
“文革”期间，中山大学的东南亚历史研究陷入停顿状态。1973年以后，研究工作才慢慢开始恢复。但是，在当时的历史条件下，基础研究还未能正常进行，有关东南亚历史的教学也未能恢复。研究室的业务工作，除了应出版社的要求写一些普及性的读物之外，就是组织力量翻译国外有关东南亚历史的著作。由商务印书馆出版的《缅甸简史》（商务印书馆1979年）、《菲律宾史稿》（商务印书馆1977年）、《泰国简史》（商务印书馆1984年）等书就是在这个时期完稿的。苏联学者瓦里西耶夫的《缅甸史纲》（商务印书馆1975年）、叶法诺娃的《文莱：历史、经济和现状》（商务印书馆1978年）、菲律宾学者赛迪的《菲律宾革命》（广东人民出版社1979年）等书也是在这时译成中文。此外，为结合当时东南亚地区的形势，研究所编印了《东南亚问题》专刊，前后共出了17期。
第一代学人陈序经、朱杰勤、何肇发、金应熙等先生为中山大学的东南亚历史研究奠定了扎实的基础，并培养出了以黄重言、林家劲、张映秋、许肇琳、刘迪辉、余定邦等人为代表的第二代学人。这批第二代学人在改革开放后挑起了东南亚研究的重担，继续在东南亚史领域默默耕耘，承前启后，继往开来。
东南亚研究所的建立与变迁
改革开放推动了我国的东南亚研究。1978年，中山大学东南亚历史研究室正式升格为东南亚历史研究所。该所是系一级的直属于学校领导的独立研究所，由何肇发和刘玉遵担任副所长（所长空缺）。新成立的东南亚历史研究所下设东南亚历史、华侨华人、当代东南亚国际关系三个研究室。“文革”十年使得学术研究事业面临人才断层的问题。成立初期，研究所首先寻觅50、60年代结业的原历史系培养的东南亚历史专业的研究生和在学的历史系优秀本科生，充实研究队伍，研究所只有十多个研究人员，不到“20条枪”，东南亚重要的国家如菲律宾、缅甸、泰国、马来西亚、新加坡等，分别由研究人员进行把关和跟踪研究。
1989年，由于国际形势的变化和科研事业的发展需求，经上级部门批准，“中山大学东南亚历史研究所”更名为“中山大学东南亚研究所”，研究方向不再仅限于历史。研究所的内部架构改为东南亚历史、当代东南亚国际关系、当代东南亚政治与经济、东南亚华侨华人问题四个研究室。80、90年代是东南亚研究所的全盛期。当时全所拥有一支学科齐全、梯队完整、素质颇高的科研队伍，共18名科研人员，其中有教授8名，何肇发、刘玉遵、黄重言、张映秋、许肇琳、余定邦等教授先后出任东南亚研究所副所长和所长，与林家劲、刘迪辉、温广益、陈树森、罗汝材等学者形成第二代学人梯队，还有10多位青年科研人员则构成第三代学人梯队，他们在不断的磨练和成长中已逐渐成为研究所科研和教学的骨干力量。研究所人员掌握的外语语言种类涵盖面较宽，除英、法、俄、日语外，还有印尼语、泰语、越语和柬埔寨语等语种。
90年代末东南亚研究所部分老师与研究生在南沙游览时合影
伴随着中山大学东南亚研究事业的蒸蒸日上，资料室的藏书也迅速增加。在12000册藏书中，外文图书占了一半。中外文期刊约350种，中外文报纸约50种，大部分东南亚国家的报纸均有订阅。国外的机构和个人常向东南亚研究所赠送大量珍贵的图书资料，此外还有民国时期和东南亚国家的相关出版物。东南亚所资料室成为国内外从事东南亚研究人员收集资料的必到之地。
2002年，中山大学对专门研究机构和院系图书资料室