近年，牛军凯教授与“域外汉籍编委会”合作，相继整理多部越南古籍，《皇越一统舆地志》（2015年）、《大南一统志（嗣德版）》（2015年）、《钦定大南会典事例》（2016年）先后由西南师大出版社、人民出版社联合出版。
东南亚所学者完成的部分史料汇编著作
（二）东南亚历史与中外关系史研究
东南亚所以历史研究见长，完成了不少有关东南亚历史的著作，如《菲律宾史》（金应熙主编，刘迪辉、何安举、金雨雁著，河南大学出版社1990年），迄今仍是国内菲律宾史的扛鼎之作。上述几位学者还完成了《菲律宾民族独立运动史》（金应熙主编，刘迪辉、金雨雁著，河南人民出版社1989年）。《东南亚近代史》（余定邦著，贵州人民出版社1996年；高等教育出版社2003年）被教育部研究生工作办公室推荐为教学用书。段立生教授长期从事泰国研究，完成了多部泰国史著作，主要有《泰国史》（广东人民出版社1987年）、《泰国史散论》（广西人民出版社1993年）、《郑午楼传》（中山大学出版社1994年）、《泰国通史》（上海社会科学院出版社 2014年）等。张祖兴副教授著有《英国对马来亚政策的演变（1942-1957）》（中国社会科学出版社2012年）一书，范若兰教授则与他人合著了《马来西亚史纲》（世界图书出版公司2018年）一书。
东南亚所学者完成的部分历史著作
在中国与东南亚国家关系史方面，东南亚所学者的成果主要有：《近代中国与东南亚关系史》（余定邦、喻常森等著，中山大学出版社 1999年；世界图书出版公司2015年）、《中缅关系史》（余定邦著，光明日报出版社2000年）、《中泰关系史》（余定邦、陈树森著，广东人民出版社2009年）、《元代海外贸易》（喻常森著，西北大学出版社1994年）、《王室后裔与叛乱者:越南莫氏家族与中国关系研究》（牛军凯著，世界图书出版广东有限公司2012年）等。
东南亚所学者完成的部分中外关系史著作
此外，东南亚研究所还策划了“广东与海上丝绸之路沿线国家丛书”，计划出版11本。世界知识出版社于2017年出版了《新海丝路上的马来西亚与中国》（范若兰）、《新海丝路上的印度尼西亚与中国》（潘一宁）、《新海丝路上的新加坡与中国》（黎相宜）、《新海丝路上的土耳其与中国》（孟庆顺）等系列丛书。
东南亚所学者出版的“广东与海上丝绸之路丛书”中的四本
（三）华侨华人研究
在华侨华人史研究方面，中山大学东南亚所也做了不少工作。本所教职员在华侨华人史研究方面的主要论著有：《近代广东侨汇研究》（林家劲等著，中山大学出版社1999年）、《广东籍华侨名人传》（温广益主编，广东人民出版社1988年）、《二战后东南亚华侨华人史》（温广益主编，中山大学出版社2000年）、《晚清侨务与中外交涉》（袁丁著，西北大学1994年）、《近代侨政研究》（袁丁著，香港天马图书公司2002年）、《民国政府对侨汇的管制》（袁丁、陈丽园、钟运荣著，广东人民出版社2014年）、《东南亚华侨与广州》（牛军凯著，广东人民出版社2002年）、《台山侨乡与新宁铁路》（郑德华、成露茜著，中山大学出版社1991年）、《移民、性别与华人社会：马来亚华人妇女研究（1929--1941）》（范若兰著，中国华侨出版社2005年）等。
东南亚所学者完成的部分华侨华人研究著作
东南亚研究所的教师还与广州市侨务办公室的同志一起到胡璇泽（清政府委派的首任驻新加坡领事）的故乡黄埔村进行侨乡调查，并考察了黄埔古港遗址，先后出版了《名城明珠黄埔村》（广州出版社2001年）、《凤浦古今：古黄埔港寻踪》（广州出版社2000年）两书。
2012年，广东省委、省政府作出编修《广东华侨史》的重要决策，组织力量编修一部权威科学的《广东华侨史》，系统梳理总结广东华侨历史和规律。《广东华侨史》总体框架以古代、近代和现当代的历史分期为基础，系统、全面地总结梳理广东华侨移民海外、谋生、发展、融入、贡献的历史和规律。这一工程注重史料的抢救与收集，从国际移民和世界历史发展的高度研究广东华侨史，力求做成一部“资料详实、观点全面、定性准确、结论权威”且突出广东华侨特点的华侨通史。本所袁丁教授担任《广东华侨史》编修工程的副主编，范若兰教授、潘一宁教授、牛军凯教授等多位东南亚所学者均参与其中。他们秉承老一辈东南亚所学者的优良学风，多次随团深入各大洲海外华人社区作实地调研，收集了大量珍贵的一手资料，同时与海内外同行通力合作，多次举办大规模、高质量的学术会议，先后出版了《近代亚洲移民与海洋社会》（袁丁主编，广东人民出版社2014年）、《北美华工与近代广东侨乡社会》（袁丁主编，广东人民出版社2016年）等论文集。袁丁教授和牛军凯教授带领历史系学生到华侨农场进行调研，并出版归侨口述史《归国与再造侨乡:越南归难侨访问录》（牛军凯、袁丁编，广东人民出版社2014年），延续了东南亚所注