孤独的来临，如同杜小康的家庭变故一样，是突如其来、猝不及防的。曾经是村中富户独子的杜小康，曾经是“草房子”里的“领头羊”、让孩子们个个都钦羡不已的“大班长”杜小康，刚刚领受了“失学”的痛苦，又不得不跟随父亲踏上了“挽救家道”的征程。
小木船行驶在水上，“当杜小康回头一看，已经不见油麻地……，向后眺望，除了朦朦胧胧的树烟，就什么也没有了”时，当他忽然发觉自己已经“身在异乡”时，一种从未有过的孤独感，在一瞬间就袭遍了他的全身。这种孤独，并非他这样一个初涉世事的孩子才有，连他那“饱经沧桑”的父亲，也不敢让小船和鸭子们停下来，“仿佛只要稍微慢下一点来，他也会像他的儿子一样突然地对前方感到茫然和恐惧，从而也会打消离开油麻地的主意”。当他们到达芦荡，“芦苇如万重大山围住了小船”的时候，孤独也如“万重大山”包围了杜小康，使他“有一种永远逃不走的感觉”。一连十多天遇不到一个人，父亲与他之间的对话，也“变得越来越单调，越来越干巴巴的了”，世界一方面被大量地省略和简化，另一方面，又似乎“满世界都注满了孤独”。他因此而胆怯，而恐慌。那恐慌无法驱除，即使紧紧地挨着父亲他也迟迟无法入睡。他“不堪”孤独的重负，开始“日甚一日”地想家，直至“夜里做梦看到母亲，哇哇大哭起来，将父亲惊醒”。但是，既然走入了那片芦荡，他们就已经再没有退路了。随着日子一天天的流逝，“父子俩都在心里清楚了这一点：他们已根本不可能回避孤独了”。杜小康所能做的，只有“承受”孤独，他已“别无选择”。在孤独无助的人生磨难中，温情脉脉的大自然，成为少年杜小康惟一的“避难所”。
黄昏时分，与炊烟一同飘起的河水的热气；从大河的东头升起的月亮；夏季青森森的万顷芦苇，以及芦苇丛中一种不知名的香草，在空气中散发出的缕缕清香；水边的芦叶里，几十只几百只聚集在一起、居然能把水面照亮的无数的萤火虫……大自然，以它的宽广的胸怀，接纳了这个少年；以它的优美的姿态，感染着这个少年；以它的低吟浅唱、风花雪月，抚慰着少年那颗孤寂的心灵。大自然，既营造了无边无际的孤独，将少年屡屡抛入“无援之境”；又一次次向少年呈现出它宁静美好的魅力，使少年在孤独中日趋淡泊、沉静，日趋坚定、自信，并渐渐去除了浮躁，走入了一种冷峻、深刻的境界。从“不堪”孤独之苦，到“承受”孤独之艰，再到“享受”孤独之味，杜小康的世界终于“雨后天晴”，他发现“天空比任何一个夜晚都要明亮”，自己长这么大，“还从未见过蓝成这样的天空”，而月亮，“又是那么地明亮”。当他经过与暴风雨的搏击，疲惫不堪地躺在一片芦苇上，嚼着白嫩的芦苇根，望着异乡的天空，心中“不免又想起母亲，想起许多油麻地的孩子”，但那时，他却没有再哭。
在文章的结尾，作者有这样一段优美而温暖的描写：“鸭们也长大了，长成了真正的鸭。它们的羽毛开始变得鲜亮，并且变得稠密，一滴水也不能泼进了。公鸭们变得更加漂亮，深浅不一样的蓝羽、紫羽，在阳光下犹如软缎一样闪闪发光。”在这些长大了的、漂亮了的鸭们背后，我们看到了那个少年的身影，他也长大了，坚强了，成熟了。
作者在节选时，将这段不足五千字的文字命名为“孤独之旅”，是有很深的意味的。人生之路，漫长而又艰辛，每个人都要“独自走过”，尤其是在生产方式与生活方式越来越现代化的今天，孤独已经成为人类根本无法回避的一种“人生状态”。“面对孤独”，也就成了人生的一种必然。然而，孤独并非自闭，并非绝望，并非消极、消沉甚至坠入颓废的没落情绪。孤独使人类从原本狭隘的个人经验中解脱出来，使人对世界、对人生的观察与体悟在因孤独而获得的距离中得到了扩展，有了许多从前不曾有的发现。孤独使人的目光和头脑皆变得冷静，孤独助人去除了影响思维深度的浮躁和妨碍人观察质量的迷乱。因此，孤独不仅是人生成长中的一种必然，也是人生成长中的一种必需。罗曼·罗兰对于孤独，曾有这样的表述：“……关心社会生活的良好习惯，不应妨碍你们每个人倾注于内心的生活。在连绵不断的行动和感情的激流里，你们应该为自己保留一间单房，离开人群，单独幽居，以便认清自己的力量的弱点，深入思考，然后像安泰那样，重新接触大地……”曹文轩在他很早以前写的一篇名为“论孤独”的文章中，也曾高度肯定孤独对于个人成长的作用：“它是一种正常并且健康的心态——如果程度得当的话。它标志着一种人格的成熟。它使人少了许多盲目。它使人在嘈杂的生活中有了一份保护身心健康的清静。”
对于杜小康而言，那个以孤独为底色，由天空、芦荡、大水、狂风、暴雨、小船、鸭子、生病、寒冷、饥饿、忧伤等所构成的荒无人烟的世界，已经成为他人生中一份永远难以磨灭的记忆。那浸透着孤独感的一切，既困扰、磨难过他，也教养、启示过他。当他们父子二人因为放鸭误入他人鱼塘而再次陷入一贫如洗的困境时，当杜小康抬着病危的父亲回到油麻地时，他，已经不再是几个月前的那个杜小康了。虽然头发干枯、面容清瘦，但他