陆孝颐得到甄别结论后仅两年多，就于1981年8月31日去世，年仅57岁。1982年水利局组织上为其召开了追悼会，悼词给予了高度评价，是年夫人闵曾缦因抑郁自杀，他们没有子女。根据他们遗愿，将一生省吃俭用积攒的17000元捐赠给水电部，经钱正英部长批示，1983年12月在水利水电科学研究院设立“陆孝颐科学技术奖”基金。由于人民币贬值太快，缺少新的增值资金注入该奖项仅颁发两届，就停止了活动。