一九三八年四月，叶飞、阮英平率领新四军第三支队第六团千余人途经闽北、浙南，到达皖南岩寺待命。此时，由江南八省十三个地区的红军游击队改编的新四军各部都已先后集中于岩寺。军部决定抽调一批干部到延安受训。六团去学习的有阮英平和营长陈挺。
同年五月，阮英平、陈挺告别战友，登上了北上的列车。途经一个车站时，他们看到站台上围着很多人在争吵。下车一打听，原来有九位青年学生在发售宣传抗日的报刊，却遭到国民党警察的无理刁难。阮英平见状，火冒三丈，挤上前去痛斥警察的行径，直驳得警察无词以对，灰溜溜地走了。围观的群众对这个身材魁梧，军人模样的人报以热烈的掌声。
抵达革命圣地延安后，阮英平和陈挺分别进入中央党校和抗大学习。阮英平少年时期只念过两年私塾，以后在艰苦的斗争环境中也没有机会学习，这次有了好的机会，他如饥似渴地学习马列主义理论，认真领会党的抗日民族统一战线的政策，还经常聆听中央领导同志的报告，思想觉悟和理论水平有很大提高。在延安学习期间，他和陈挺向毛泽东等中央领导汇报闽东革命和坚持三年游击战争的情况，受到很高的评价①。
经过一年多的学习，阮英平、陈挺于一九三九年九月离开延安，与当时到中原局任书记的刘少奇同行，返回淮南的新四军江北指挥部。十二月，阮英平到达皖南军部报到，暂时留在军部担任政治协理员。一九四○年，阮英平从皖南到苏北出任一旅二团政委。一九四一年九月调任一旅政治部主任 (即苏中三分区) 。从一九四一年至一九四二年间，日寇调动重兵对苏北等抗日根据地进行大规模“扫荡”。由于频繁的战斗和非常艰苦的生活，阮英平身体日益衰弱，肺病越加严重。但是，他全然不顾病痛的折磨，继续顽强地工作。
为了粉碎敌伪的“扫荡”，阮英平极其重视做干部、战士的思想政治工作。尽管有时咳哑嗓子，还要经常找同志们谈心，了解战士们的思想动态。他做起报告来滔滔不绝，有声有色，具有一股强烈的鼓动力，战士们特别喜欢听。为了把分区机关报《挺进报》办好，他亲自审阅稿件，经常组织有关人员开会研究，从组稿到排版油印，每一个环节都认真检查，使《挺进报》越办越好。
阮英平认为： “拥政爱民”、群众纪律等问题，部队过去天天讲，现在的问题是抓落实，在他主持下，召开了全体指战员会议进行动员，各单位连夜讨论，全面检查群众纪律执行情况，一项项加以认真核实。在军民联席会议上，他反复强调“拥政爱民”工作的重要性，接着对违犯群众纪律的单位或个人，该当众给群众赔礼道歉的，就在大会上赔礼道歉; 该赔偿损失的，也在大会上当场兑现。会议开得非常活跃，对部队是一个具体的、生动的教育，群众也深受感动。
阮英平非常关心、爱护和信任下级干部。有时，对犯错误的同志批评很严厉，但只要对方承认并改正了，他就不记恨，一样地信任和使用。所以，他与下级的关系很融洽，大家有什么思想问题，也都很喜欢同他讲。
在激烈的反“扫荡”斗争中，阮英平忍着病痛，坚持工作。一九四三年他的病情恶化。叶飞命令部队通过地下党的关系，把他送到上海红十字会医院 (即现在华山医院) 治疗。
阮英平在上海治病半年后，又回一师师部休养。一九四四年冬，为了执行中央发展东南的方针，华中局和新四军决定由第一师主力三旅和一旅三个团组成第一批南下部队，会同十六旅首先打开东南浙西局面，再与浙东打通联系，控制浙江，然后相机向南发展。年底，病愈后的阮英平随第一师第一批南下，部队渡江南进，于一九四五年一月在苏浙边之长兴地区与十六旅会合。根据中央军委的指示，一月十三日，成立苏浙军区，粟裕任司令员，谭震林任政委。接着，部队进行了整编，以十六旅为第一纵队，浙东游击队为第二纵队，第一师南下部队为第三纵队。阮英平被任命为第三纵队政委 (司令员陶勇)。