2004年,于汉超正式进入辽宁宏运一队。
2005年,于汉超代表辽宁宏运参加中超联赛,他一共为辽宁队出场了14次。
2009年,于汉超荣升为副队长,成为继李铁和肇俊哲之后辽足新的核心。
2009年,于汉超跟随辽宁队获得了中甲冠军,重新返回中超。
2011年,于汉超在中超联赛中共出场29次,以12粒球射手榜上排名第4,是进球最多的本土球员。
2012年12月25日,于汉超转会到大连阿尔滨 ,转会费4000万元,成为中超新标王。2005年至2012年间,于汉超为辽宁宏运效力了8年时间,共出场168次,打进35球。
2014年4月6日,于汉超在大连阿尔滨与广州恒大的比赛中打入两球,可惜球队仍以2-4不敌恒大。
2014年5月3日,大连阿尔滨对阵山东鲁能的比赛,是于汉超职业生涯第200次出场,他在比赛中打入一球,帮助大连阿尔滨2-1战胜对手,同时终结了5轮不胜。
2014年6月10日,广州恒大俱乐部官方宣布大连阿尔滨球员于汉超、李学鹏两人转会加盟球队
2014年7月15日,中国足协杯第三轮展开争夺,在广州恒大主场对阵广东日之泉的比赛中,于汉超打入他加盟恒大后的第一个正式比赛进球,帮助恒大1-0战胜对手。
2015年3月9日晚,2015赛季中超联赛第一轮,卫冕冠军广州恒大队主场迎战升班马石家庄永昌队双方战成1:1平,全场补时阶段第4分钟,于汉超门前头球破门,最终帮助恒大2:1战胜对手,取得2015赛季开门红。
2016年1月20日,广州恒大淘宝足球俱乐部官方宣布与球员于汉超完成续约。