1950年10月，庐山植物园由中国科学院植物分类研究所接管。当时陈封怀因调任江西省农业科学研究所副所长，已移居南昌莲塘，各方面条件均较庐山优越，孩子也到了入学年龄，本可从此享受稳定生活，但为了植物园的发展，陈封怀又再次上山，任植物园主任。陈封怀有二子，长子贻松，次子贻竹，学习成绩均极优秀。1952年贻松升初中，但当时庐山仅牯岭有一所规模很小的中学，到植物园须步行10余里山路，又无寄宿条件，不得已将贻松送往北京亲戚家寄住上学，不幸感染脑膜炎夭折。老年丧子，使陈封怀夫妇感到无法形容的内疚和痛苦。但他仍坚持工作，在不到三年的时间里，植物园不仅恢复了战前的规模，并扩大了苗圃、茶园；新建了温室区、松柏区、灌木区、草花区、岩石园、标本馆；编写了《庐山植物园栽培植物手册》；发表了《中国报春花研究补遗》、《庐山及其邻近卫矛科植物研究》等学术论文。