杨啸林,副教授,硕士生导师

1996年毕业于首都医科大学临床医学专业,获得学士学位;2004年毕业于中国协和医科大学,获博士学位;同年加入基础医学研究所生物医学工程系工作。研究领域为生物医学信息学,关注于生物医学数据的标准化管理,并在此基础上利用人工智能的方法进行生物医学数据挖掘。担任国家人口健康科学数据中心(基础医学)常务负责工作。与美国斯坦福大学国家生物医学本体中心等机构合作,参与国际本体数据服务联盟(https://ontoportal.org/)资源和服务建设工作。

研究方向包括(1) 生物医学本体(ontology)开发管理与应用研究,参与了一系列符合OBO准则的本体开发,并建立了MedPortal本体资源库(http://medportal.bmicc.cn),为利用自然语言处理等方法进行本体应用研究与开发。(2) 本体与数据元素标准化支持的生物医学数据分析:利用人工智能等多种方法和手段,以本体为核心进行基因型-表型数据关系研究。(3) 标准化的生物医学数据资源建设:围绕国家人口健康科学数据中心(基础医学)项目开展生物医学领域的科学数据的管理与建设。

作为骨干成员参与“国家人口与健康科学数据共享服务平台基础医学科学数据中心”(http://www.bmicc.cn)的建设和管理,是一系列有影响的数据库——“国民体质与健康数据库”、“中国人心理状况数据库”、“中国数字化可视人体数据库”和“MedPortal生物医学本体数据库”的主要建设人员。与此同时,作为骨干人员参与科技部精准医学研究项目“中国重大疾病与罕见病临床与生命组学数据库”、国际合作项目“蛋白质组生物大数据与标准系统”、

国家科技部科技基础性工作专项“中国人生理常数数据库扩大人群调查”和“中国国民健康状况和基本生理参数本底调查(2期)”等项目。曾主持国家自然科学基金面上项目,目前负责医科院创新工程人工智能先导项目,作为科研骨干参与科技部国际合作交流项目、国家重点研发计划。目前参与中国医学科学院医学与健康科技创新工程协同创新团队项目。

学术兼职包括国际生物医学本体组织OBO FOUNDRY工作委员会成员、国际计算生物学会(ISCB)生物本体工作组成员、《Journal of Bio-X Research》杂志编委、以及《中国生物医学工程学报》和《生物信息学》杂志审稿专家。

在教学方面,担任北京协和医学院研究生院《应用生物信息学》和《计算机应用基础》课程负责人;同时,承担医大八年制临床医学专业本科课程《生物医学工程》和研究生课程《生理学的物理分析》的部分教学任务。主持两项院校教学改革项目“应用生物信息学课程在线学习管理系统建设”和“重点课程建设——应用生物信息学”;并建设信息学类课程教学网站http://moodle.sbm.pumc.edu.cn/ 。

代表性研究论文:

1; Zhigang Wang, YongQun He, Jing Huang, XiaoLin Yang*. Integrative web-based analysis of omics data for study of drugs against SARS-CoV-2. Scientific reports, 2021, 11:10763

2. Hongjie Pan, Xiaocui Bian,Sheng Yang,Yongqun He, Xiaolin Yang*, Yuqin Liu*. The cell line ontology-based representation, integration and analysis of cell lines used in China. BMC Bioinformatics 2019, 20(S5):249-258

3. Xiaoyi Tian, Di Chen, RanZhang, Jun Zhou,Xiaozhong Peng, Xiaolin Yang*, Xiuru Zhang*, Zhi Zheng*. Quantitative survey of multiple CpGs from5genes identifies CpG methylation panel discriminating between high- andlow-gradecervical intraepithelial neoplasia. Clinical Epigenetics, 2015, 7(1):4

4. Yongqun He*, Hong Yu, EdisonOng, YangWang, Yingtong Liu, Anthony Huffman, Hsin-Hui Huang, John Beverley,Junguk Hur, Xiao


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