1988年，李贵鲜调任中国人民银行行长，马蔚华再次随同李贵鲜调到北京，担任人民银行总行办公厅副主任、计划资金司副司长等职。在人民银行任职期间，他以政府经济官员的身份参与中国宏观经济运行，见证了中国银行业的许多重大事件和变革。
20世纪80年代的改革初期，中国没有“商业银行”这一概念。经济改革的重心在企业改革，而金融业要为之提供配套服务，所以金融改革比企业改革滞后。直到1984年企业改革后具有了活力，需要有一个合理完善、支撑整个经济运行的金融体系，因此分出了工、农、中、建四大专业银行，标志着中国商业银行体系雏形的出现。中央银行与商业银行“不分彼此”，人民银行又监管又放贷，运动员裁判员一起做的格局被打破。
八十年代中后期，整个国民经济发展和经济体制改革对银行业和金融业提出了更高的要求，专业银行运作中存在的不少弊端也逐渐暴露，决策层开始考虑建立体制较新、业务较全、范围较广、功能较多的银行，逐渐地，四大国有银行的业务藩篱被打破。
1986年7月，国务院批准恢复设立交通银行。此后先后成立了中信实业银行、深圳发展银行、广东发展银行等10家全国性股份制商业银行，突破了四大专业银行一统天下的格局，进入了金融主体多元化的时代。这些股份制商业银行既补充了国有银行的市场漏洞，又激活了国家金融体制，现已成为金融体系的重要组成部分。现在这10家银行迅速发展壮大，其总资产已占全国商业银行总资产的七分之一。
1988年，深圳发展银行率先进入资本市场，1991年实现上市。通过上市，深圳发展银行建立了正常的资本金补充机制，为提高透明度，发挥市场监督功能，建立现代银行制度作了有益的探索。同时政策规定突破了地方不能办银行的限制，全国各地大中城市分步组建了近百家地方性商业银行。中国银行业融入世界的脚步从此加快，银行业对外开放地域逐步从经济特区扩展到沿海城市和中心城市。
1992年10月，马蔚华南下任央行海南省分行行长、党组书记、国家外汇管理局海南分局局长，一直至1999年。此前他在中央部委及地方打下了极强的人脉关系和政治资源，为以后的工作制造了便利。在海南期间，有两件事丰富了马蔚华的人生履历。一是受命解决海南发展银行破产清理工作；另一件事就是用了4年时间攻读西南财经大学博士研究生。同日，《海南日报》和《广州日报》都在头版发表了中国人民银行关闭海南发展银行的公告，海南发展银行在岛内的141个网点和广州分行的各网点歇业。由于公众对中国工商银行的信用仍在，兑付开始后并没有造成大量挤兑，大部分个人储户只是把存款转存工商银行，没有造成过大的社会震动，而在海发行开户的很多法人只有认倒霉：按照省政府要求，海南多个机关事业单位都曾将开户行转到海发行，结果很多存款就此蒸发无下文。
海南发展银行的关闭是中国历史上第一次银行关闭，面对这样一个任务马蔚华心里没有底，后来查阅了很多国际上处理这种活动性风险的案例才逐渐地树立信心，在央行总行的支持下主持关闭了银行，处理了随之而来的各种情况。
覆巢之下无完卵。海南发展银行的清算造成3000多人失业。在与原海发行员工对话时，惶恐的员工问到“银行都失业了，将来怎么办”，马蔚华说：“还有好多银行，可以安排你们到其他银行去工作。”最终，一般员工按工作一年补一个月工资的方式予以遣散。
这些被遣散的员工中，年轻的、学历高的人大部分都依靠自身能力，逐渐又重新回到了金融系统工作，但也有相当一批人由于种种原因再找不到新的工作，不得不依靠失业救济和亲友接济度日。遥想当年，他们满怀美好憧憬，通过苛刻考试，从全国各地来到海南，用自己的才华学识给这家“先天不足”的银行注入活力，并憧憬着海南发展银行能够从一株幼苗成长为参天大树……
第三章由政而商：寻找核心竞争力
管理落后是中国银行的先天缺陷，曾经的管理者变身为经营者，能否实现顺利转身？摈弃弊端，开启新政，知识改变企业和个人的命运。
一招制胜：一卡通打败存折
马蔚华给中国的银行业带来的冲击，集中地体现在了“一卡通”卡片上。以技术立身的招行在全国范围内打响的第一炮，就是小小的厚度不过1毫米的“一卡通”。
1993年，招行以深圳为试点，实现了储蓄联网。1995年7月，招行成立储蓄信用卡部，主推借记卡“一卡通”，最初为金色背景，熊猫图案。1996年6月，“一卡通”实现了全国联网通存通兑。此时招商银行只有9家分行，虽然规模小，但是系统规划统一，一卡通在普通分行可以通存通兑。而有的大银行是一个省一个机型，虽然投入很多很早，但是不能在全国通存通兑，
在这个问题上，招行对自己的优势和劣势看得很清楚。人们获取信用卡这种需要较高“成本”的产品的时候会选择全国性的大行，招行没有优势。但是招行自身的架构却非常适于开发借记卡这类同样非常讲究网络和信息共享的产品。招商银行根据其优势，大力开发以电子技术为依托的安全高效的结算网络、电子货币产品，完善硬件