1950年11月29日—12月5日，九三学社召开第一次全国工作会议（代表会议性质），黄国璋被选为中央理事会理事兼秘书长。1951—1952年知识分子思想改造中，有人抓住他曾为美国地理学会会员，1940年又筹建中国地理研究所任所长，后任国民政府设计局委员、区划设计组组长等历史问题，说他站在反动政府一边，给予猛烈批判，撤销其九三学社中央及中国地理学会一切领导职务。“多亏竺可桢等一批老前辈力保，年近花甲的黄国璋先生才免西出阳关。”（《民主与科学》1996年6期）应本人请求派到陕西师院（后为师大）筹建地理系。他不计个人得失，努力教学，多次找党组织汇报思想，申请入党。
1966年，70高龄的黄国璋，申请去农村社教与贫下中农“三同”，交了许多农民朋友。他说：“我是搞经济地理的。对农村、对贫下中农不了解，就难以教好经济地理。同时，我们老知识分子，只有深入实际，接近工农，才有利于思想改造，才能锻炼成为一名共产党员。”回校后，正准备向校党委递交入党申请书。“文化大革命”爆发，他们两夫妇被轮番揪斗。9月6日与夫人范雪茵含冤去世。1978年6月17日陕西师大隆重举行追悼会，为其平反昭雪。1979年，在广州举行的中国地学会全国代表大会，为黄国璋恢复名誉。1996年5月30日，又在陕西师大召开盛况空前的黄国璋诞辰百周年暨学术思想研讨会，九三学社中央副主席陈学俊、中国地理学会理事长吴传钧等6位中科院院士，中科院、北师大、浙大等国内10多所名牌大学54位教授，10多家新闻媒体。以及湘乡的代表等参加大会，对黄国璋一生追求真理，献身科学，致力爱国民主 运动，给予充分肯定，称他为地学界先驱、先师与泰斗，大家表示要学习他热爱中国共产党，热爱社会主义祖国，爱岗敬业的崇高精神；学习他一心为公，不计个人得失的品格；学习他精深而又与时俱进的地学思想，为四个现代化而奋斗。
黄国璋有5女1子。他处处充当子女的表率，不吸烟、不喝酒，无其它不良嗜好，专心致志做学问，一心一意讲奉献。他严格要求子女，一辈子跟共产党走，并要求他们在艰苦中锻炼成长。他的女婿刘涤源是武汉大学著名经济学教授，整风中被错划成右派，黄国璋与他谈心，鼓励他相信党和人民，走认准的道路。三女兴友毕业后，支持她长期在云南边疆工作。幺女大学毕业后，响应号召参军赴中老边境，她给父亲写信报告军旅生活情况后，黄国璋给众儿女写信说：“兴燕来信，她思想进步，认识正确，工作热情很高，可喜！这确是她一次很好的革命锻炼时机。”20世纪50年代，他给四女兴宁写信，谈如何做人时说：“一个人的品质：1、社会主义觉悟水平怎么样，至少对社会主义和党的领导有正确的认识，这是最低的政治要求。2、做人必须忠诚老实，而不能阳奉阴违，口是心非，这是非常重要的。3、做事要踏踏实实，不投机取巧。一个青年若具备这三条，在品质上也算差不多了，至少说是一个可靠的人。如果一个人基本不可靠，其它也就无从谈起。”他对儿女中最小的也是唯一的儿子力民，从小就严格要求。1958年，大炼钢铁，读高三的儿子与同学一道去60里外用板车拉石灰，感到为难。他鼓励儿子：“都是年轻人，农村孩子能拉，你也能拉，身体是锻炼出来的，再累，累不坏人，锻炼自己，坚持到最后就是胜利。”在他的教育下，6个子女都在大学本科毕业，都成为国家有用人才，成为教授、高级工程师、主任医师，其中3个参军。
黄国璋爱国、爱党、爱人民、爱科学的精神永垂不朽！