1949年，国民党败退大陆，盛忠亮、秦曼云退居台湾。
1964年，秦曼云与辞职之后的盛忠亮（曾担任台湾“外交部”亚西司司长、驻乌拉圭全权公使）携三男二女举家迁居美国经商，买卖兴隆，生活富裕。
秦曼云在晚年曾多次回国观光，还作为“爱国华侨”应邀参加过国庆观礼：1981年，秦曼云首次回国，多次向有关部门请求，想见见当年莫斯科的老同学，组织上安排王鹤寿会见；1984年，当时国家军委副主席杨尚昆以莫斯科中山大学校友的身份，邀请盛忠亮访问大陆——台湾海峡两岸关系的破冰与融化，实自彼时启发其端；1986年秋，秦曼云回国探亲时专程去延安参观了关向应故居，并瞻仰了关向应的陵墓。
2001年12月17日，秦曼云在美国去世，享年93岁。