学系历任主任包括杨子彬教授（1978-1990）、余珏教授（1990-1995）、张正国教授（1995-2009），现任主任为许海燕教授。目前在职职工12人，包括正高级职称4人、副高级职称4人、中级职称3人、初级职称1人；其中博士生导师3人、硕士生导师3人。学系正在积极引进各方面人才，建设具有优良创新能力和研究特色的科教团队。
在教学和研究生培养方面，建立了面向博士和硕士研究生等高层次人才培养为主体的科研与教学体系。自1988年以来一直为八年制临床医学专业本科生开设《生物医学工程学》课程；近年来新开设了研究生课程《生物医学工程概论》和《纳米医学概论》；同时，对《应用生物信息学》、《电子技术在生物医学中的应用》、《生理学物理分析》和《计算机应用基础》四门课程内容进行了凝练和更新。此外学系还曾多年承担继续教育学院的《医学物理》课程。
学系每年招收的研究生来自全国不同高校，本科专业背景涉及生命科学、材料学、化学、药学、基础或临床医学等相关专业。学系全力为研究生提供优良的研究条件和交流平台，使各类不同专业背景的学生能够充分发挥其学术研究潜力。研究生多人次先后获得国家奖学金、共青团中央光华奖学金、院校一等奖学金、以及北京协和医学院优秀毕业生称号，在专业领域高影响力学术杂志发表研究论文。毕业生就业单位包括高等学校、科研院所、各部委所属事业单位、国际知名医药公司、以及美国和香港地区等大学的博士后等。
历届主任及学科带头人
杨子彬，中国医学科学院基础医学研究所教授、博士生导师，1978-1990年任基础医学研究所生物医学工程系主任。1952年毕业于白求恩医科大学（原第三军医大学）医学系，1962年毕业于北京邮电学院函大无线电系。1953-1977年在中国协和医科大学北京协和医院历任内科、外科、住院医师、主治医师，理疗科主任。1978年进入中国医学科学院基础医学研究所，曾任研究所副所长。1981-1982 年在Texas Heart Institute做访问学者。
杨子彬教授是中国生物医学工程学会的创始人和学术带头人之一；在国际上曾任国际生物医学工程联合会执委及亚太地区工作委员会委员、第二届亚太地区生物医学工程学术大会主席、国际生物医学工程联合会（IFMBE）执行局常务委员。2002年被授予国际生物医学工程科学院（International Academy of Medical and Biological Engineering, IAMBE）Fellow称号，并当选为该院执行局常委。曾任中国生物医学工程学会副理事长兼秘书长、国家医疗器械专家委员会副主任、国家发明奖和科技进步奖评审委员会委员、北京市人民政府科技顾问。曾担任中国生物医学工程学报（英文版）副主编、国家自然基金生命科学部专家咨询委员、中国医师协会学术委员会委员、中国科学技术协会第四届和第五届全委会委员等社会职务。
杨子彬教授在美国做访问学者期间从事人工心脏研究，参与了D. J. Cooley全人工心脏植入人体的手术研究工作，被授予Dr. Cooley奖。回国后在我国开创了人工心脏、主动脉内气囊反搏（IABP）技术、肾功能衰竭尿毒症CCPD系统的研究；先后承担国家“七五”、“八五”、“九五”攻关以及国家自然基金重点项目，开展介入性诊疗器械用血液相容性生物材料和大输液包装袋用多层复合膜的研制工作。发表科学论文100余篇，编著、合著生物医学工程相关专著五本，曾获卫生部全国科技大会奖、天津市科技成果奖和医科院科技成果奖，取得五项国家发明专利。