1866年12月，奕䜣奏请在同文馆内添设分馆，招收科举出身的人员学习天文、数学。大学士倭仁亲自出马，上书慈禧，坚决反对。慈禧又让他到主持洋务的总理事务衙门行走。倭仁一向痛恨洋务，1866年12月要他去办洋务，倭仁感到这是对自己侮辱，再三推辞，慈禧却不肯收回成命，弄得这位顽固派的代表人物十分难堪。他到上书房给同治帝讲课，有所感触，不禁流下了眼泪。倭仁最后以养病为理由，奏请开缺。经慈禧批准，免去他的一切职务。
甲午战争失败后，帝国主义掀起了瓜分中国的热潮，民族危机空前严重。在维新派的影响下，光绪锐意变法。变法和反变法的斗争非常激烈。1898年6月11日，慈禧面告光绪：“前日御史杨深秀、学士徐致靖言国是未定，良是。今宜专讲西学，明白宣示。”于是，光绪发布了由翁同龢起草的《定国是诏》，把讲求西学，变法自强，作为清王朝的国策，使维新运动取得了合法地位。但是，这次变法，涉及了清王朝的政治体制，而慈禧改革底线是祖宗之法不能变。随着变法的深入，慈禧和维新派的分歧越来越大。特别是康有为建议的仿先朝开懋勤殿一事，选举英才，并邀请东西洋专门政治家共议制度，将一切应革之事全盘筹算，然后施行，更是慈禧所不能接受。当光绪向慈禧提出这一请求的时候，“太后不答，神色异常。”从慈禧的表情，光绪感到变法已出现危机。为了使变法能进行下去，康有为、谭嗣同等密谋策划，争取正在天津小站练兵的袁世凯以所部新建陆军入京，围颐和园，逼迫慈禧退出政治舞台。由于顽固派势力强大，袁世凯又是一个投机胆小圆滑分子，根本不可能站在维新派一边。因此，这场自上而下的改革失败了。
主战求和
慈禧的一生，经历了从1840年至1900年帝国主义侵略中国的5次战争。第一次鸦片战争，她还是一个5岁的孩子。第二次鸦片战争，她已是咸丰皇帝的懿贵妃。以后的中法战争、中日甲午战争、八国联军入侵，她则是清王朝的最高决策者，从慈禧的主战与求和，可以看出慈禧与帝国主义关系的变化。
1860年9月21日，清军在八里桥之战中遭到失败，英法联军进逼北京，咸丰决定逃往热河避暑山庄。当咸丰 即将出发的时候，懿贵妃极力谏阻，请求咸丰留在北京，继续抵抗。为此，她触怒了咸丰，差一点引来杀身之祸。奕䜣与英法联军签订《北京条约》，懿贵妃深以为耻，劝咸丰废约再战。因为咸丰病危，只好作罢。
中法战争爆发后，主战派和主和派的斗争非常激烈。慈禧将清军的接连失利归罪于奕䜣的“因循委靡”，免去他的一切职务，其他4位军机大臣也全部罢免。但是，清政府内部的和战之争并未停止。1884年8月23日，法国军舰向福建水师发动突然袭击，福建水师全军覆没。慈禧谕令对法宣战，并将继续坚持和议的张荫桓等6位总理衙门大臣革职。1885年2月，法军攻占谅山，慈禧转向主和。镇南关的失守，慈禧更丧失了对战争胜利的信心。授权中国海关驻伦敦办事处的英国人金登干到巴黎与法国外交部秘密议和。1885年4月4日，授权金登干与法国政府签订《巴黎停战协定》。6月9日，又授权李鸿章，在天津与法国驻华公使巴德诺签订《中法新约》。
变法新政
慈禧一生中领导过两次改革，第一次是洋务运动，第二次是清末新政，前者是物质层面上的变革，后者是体制层面上的变革。
推行洋务运动，开辟中国近代化道路。
洋务运动是近代中国第一次大规模的模仿、学习西方工业化的运动，是一场维护封建皇权前提下由上到下的改良运动。洋务运动引进了大量西方18世纪以后的科学技术成果，引入译入了大量各类西方著作文献，培养了第一批留学童生，打开了西学之门；学习近现代公司体制兴建了一大批工业及化学企业，开启了日后中国的工业发展和现代化之路。在甲午中日战争中，北洋舰队全军覆没，洋务运动也随之破产。洋务运动为中国的近代化开辟了道路。
实行“新政”，对兵、商、学、官、法进行改革。
1901年8月29日，出现下谕全国停止武科科举考试；9月11日命令各省仿北洋、两江筹建武备学堂；9月12日下谕全国各省裁汰旧军，编练“常备军”。编练“新军”的工作在全国铺开。1903年12月4日设立练兵处，任庆亲王奕隆总理练兵事务，袁世凯为会办练兵大臣，铁良襄同办理。练兵处的实权为袁世凯所掌握。清政府还令各省设立督练公所，为各省领导编练“新军”的机构。
1903年9月7日，清政府设立商部，倡导官商创办工商企业。接着，颁布了一系列工商业规章和奖励实业办法，如：钦定大清商法、商会章程、铁路简明章程、奖励华商公司章程、矿务章程、公司注册章程、试办银行章程等。这些章程规定，允许自由发展实业，奖励兴办工商企业，鼓励组织商会团体。这些章程和做法，都有利于民族工商业的发展，有利于社会经济的繁荣。
首次提出君主立宪。
1908年，慈禧太后在中国历史上首次推出君主立宪制，并列出了一个为期9年的时间表：1909进行省咨议局选举；1910年资政院开院；1917年召开国会，实行宪政。如果按照这个时