在生活上，陈潭秋同志对红军干部航空学员也是无微不至的关心。1940年后，盛世才没有根据物价上涨相应的增拨学员灶的伙食费，学员们只好经常吃咸菜疙瘩。
陈潭秋同志见学员们消瘦了，非常心疼着急。在经费极其困难的情况下，他想方设法从办事处的经费中每月拨出一部分钱，作为学员们的伙食补助。当改装战斗机的学员们在野外机场训练时，生活条件更差，陈潭秋同志就设法借来几支小口径步枪，让学员们打点儿野味，补充营养。学员有了困难，陈潭秋同志就亲自想方设法解决。例如机械班的周立范经常肚子疼，督署航空队军医确诊他长了一个大瘤子，说是不治之症。陈潭秋同志闻讯后，四处奔走，多方联系治疗，他通过苏联驻迪化总领事，在盛世才部队的一个医院里，找到一名苏联肿瘤专家，给周立范做了大手术，切除了肿瘤。在周立范住院和休养期间，陈潭秋同志还多次用自己的津贴费，购买营养品前往看望，并指示我党学员们要多关心爱护他，周立范同志终于从死亡线上被抢救了过来。
至于我党航空队在学习训练期间的费用，也需自筹一部分，钱由共产国际供给，每月大约四百美元。1940年1月，“新兵营”撤走后，中央代表陈潭秋曾与“远方”(即共产国际)电报联系此事，并请中共中央书记处去电说明。1月18日，《新疆办事处关于新兵营回延安和航空队经费供给致邓发及中共中央书记处电》文中写道：“留此学习及修养的，除航空队外，还有50余人。航空班用费拟自筹，合计每月需美金四百元，已电远方要求供给。望你们也去电说明。”(引自：中国人民解放军历史资料丛书编审委员会：《八路军新四军驻各地办事处机构》(2)第597页，解放军出版社，1999年3月第1版)
1940年夏，航空队的学习遇到困难。因阿山、和田事件发生，盛世才调走了几架飞机镇压“叛乱”，使航空队学习无法继续。陈潭秋在10月21日发出《关于航空队状况及下一步的处置致中共中央书记处电》。电文说：“航空队同志是我们准备将来空军的第一批干部，他们的责任非常重大，可是一年多来，因技术条件和环境关系，进步很少。……最近他们要求直接写信给中央陈述意见，我已同意。究竟对他们的问题如何处置，希望中央严重讨论一次，给以具体指示……”(引自《八路军新四军驻各地办事机构》(2)第617页)
当时，航空队学员要求陈潭秋同志向党中央反映情况，并转达他们的三条要求：一、回延安建立自己的空军抗日;二、参加陆战队抗日;三、赴苏参战。党中央回电：严守纪律，安心学习。(引自《新疆革命史》第93页;《中共党史资料》第25期，第29页)
当盛世才加紧投靠蒋介石，于1942年7月把航空队逐出督署航空队后，航空队自成体系的搬到了南梁的招待所(归八路军驻新疆办事处)。因先后调出3人，牺牲2人，病退1人，此时航空队有37人。陈潭秋同志来看望航空队员时，告诉他们：“你们37名同志，是党千辛万苦培养出来的第一批航空人才，是我们党的宝贵财富，目前从新疆送你们返回延安，已经不可能，我已向党中央发电报，请中央尽快与苏联联系，争取把你们送到苏联去，待国内条件成熟后，再接你们回来建设我们自己的空军。”
1942年9月初，新疆政局已十分险恶。陈潭秋同志找航空队党支部的新老成员谈话。他在分析形势后说：“党中央批准了你们撤到苏联去继续学习，你们现在可以做走的准备，行李物品尽量少带……我们在新疆的所有人员准备分三批撤走。你们学习航空的同志是第一批，吉合同志同你们一块走，他对苏联的情况熟悉，懂俄语便于接洽。”(见1985年新疆人民出版社出版的《碧血洒天山》)
此后，陈潭秋同志被抓走，航空队同志也被软禁、监押，与党代表失去了联系。但陈潭秋同志被害前还在关心航空队的同志，曾给他们写信，并嘱托党组织负责人给航空队员每人补助100元生活费。
1944年冬，航空队的同志们被转押到第二监狱的黑牢后，他们设法与狱中的党组织接上了关系。敌人用严刑毒打，甚至用砍头、枪毙来威胁他们，他们都没有屈服。他们在“百子一条心，集体回延安”“全体无罪释放回延安”的战斗口号鼓舞下，不屈不挠地开展对敌斗争。在党中央的多方营救下，终于在1946年6月10日，集体释放出狱。于同年7月11日，安全地回到延安。
这支由红军干部组成的我党第一支航空队，与其他一道返回延安的我党人员，受到了中央领导和各界群众的热烈欢迎。朱德总司令亲自到七里铺迎接，并设宴招待。他高兴地对航空队员们说：“我军在东北缴获了日本不少航空器材，有飞机，有机场，就是缺少驾驶人员和维护人员。你们回来了，就很好嘛!正好发挥骨干作用。”
7月12日，毛泽东主席来到中央党校驻地看望大家，他与航空队的同志一一握手说：“你们回来了，就是胜利!”“你们都是好同志。”
1946年8月29日，航空队被召集到八路军总部开会。朱德总司令详细讲述国内形势后说：“延安人称你们为新疆航空队。延安怎么会有新疆航空队呢？名不正言不顺。八路军确实很需要一支航