颜思齐生性豪爽，仗义疏财，身材魁梧，精熟武艺。万历四十年（1612年），颜思齐遭官家欺辱，怒杀其仆，逃亡日本，以裁缝为业，兼营中日间海上贸易，数年后渐富。其间，颜思齐与经常到长崎贸易的晋江船主杨天生结下深交，结识了一批流寓日本从事海外冒险的闽南人。由于他广结豪杰，遐迩闻名，日本平户当局任命他为甲螺（头目）。

天启四年（1624年），颜思齐等因不满日本德川幕府的统治，密谋起事造反，参与日本人民的反抗斗争。农历六月十五日，颜思齐与杨天生、陈衷纪、郑芝龙等二十八人拜盟为兄弟，众推颜思齐为盟主。不幸事泄，幕府遣兵搜捕，颜思齐率众仓惶分乘十三艘船出逃。驶至九洲西海岸的外岛洲仔尾，陈衷纪建言：“吾闻琉球（台湾旧称）为海上荒岛，势控东南，地肥饶可霸，今当先取其地，然后侵略四方，则扶余之业可成也。”

农历八月二十三日，颜思齐率船队抵台湾，在笨港（今北港）靠岸，乃率众伐木辟土，构筑寮寨。与此同时，派杨天生率船队赴漳、泉故里招募移民，前后计三千余众。颜思齐将垦民分成十寨，发给银两和耕牛、农具等，开始了台湾最早的大规模拓垦活动。同时组织海上捕鱼和岛上捕猎，发展山海经济，以解决移民生产和生活的物质需要。

天启五年（1625年）九月，颜思齐和部众到诸罗山捕猎，豪饮暴食，不幸染伤寒病。数日后竟一病不起，英年早逝，年仅三十七岁，葬于今嘉义县水上乡与中埔乡交界处的尖山山巅。颜思齐临终，召众人告之：“不佞与公等共事二载，本期创建功业，扬中国声名。今壮志未遂，中道夭折，公等其继起。”颜思齐故后， 十二月，众推郑一官为盟主，继统其业，树旗招兵，下设参谋、总监军、督运监守、左右谋士等，代统一寨众目，建立了初具规模的郑氏地方统治政权。同年8月2日，李旦正办好厦门、长崎、及台湾贸易，从台湾回平户途中去世，其台湾的产业和士卒转归郑芝龙控制，而于厦门的则落入许心素的手里。

郑一官自立门户后，从福建招徕了郑兴、郑明、杨耿、陈晖、郑彩等部将。他将部下分为十八先锋，结为“十八芝”， 并从此改名为“芝龙”，而不再称“一官”。郑芝龙继续拓垦大业，势力不断壮大，成为当时海上最大的武装集团。“凡我内地之虚实，了然于胸。加以岁月招徕，金钱所诱饵，聚艇数百，聚徒数万……礼贤而上（尚）士，劫富而施贫，来者不拒，而去者不追。”

天启六至七年（1626～1627年），闽南发生严重旱灾，遍野赤土，许多村落连草根树皮都被吃尽。农历二月，郑芝龙利用此机会，自率船队袭击福建漳浦，劫掠金门、中左所（今厦门）和广东靖海、甲子等地，不久又回师福建，再犯泉州、厦门，袭铜山（东山），陷旧镇，击败金门游击卢毓英、福建总兵官俞咨皋的进剿，纵横东南海上，声势所向披靡，官兵疲於奔命，莫可奈何。奔袭中，郑芝龙等还招抚了泉州饥民数万人赴台拓垦，沿海饥民及无业者竞往投靠。这一仗郑芝龙打败官兵和许心素，使厦门从此成为郑氏的地盘，势力日益强盛，官兵不能敌，也代表着泉州帮势力的兴起。

1626至1628年，郑芝龙以台湾魍港为基地，劫掠福建及广东数地，使明朝官兵疲于奔命，虽其间有朝廷招安动作，郑拒绝并在台海纵横两年六个月，直到1628年年底，福建巡抚熊文灿再度招安郑芝龙，成为“海防游击”。

郑芝龙势力至1627年已有船700艘；许心素建议荷兰东印度公司联手打击郑芝龙，但东印度公司未允，郑芝龙打败副总兵俞咨皋，杀对手许心素。当时福建泉州府同安知县写给福建巡抚的文书中说郑芝龙虽事劫掠，但对泉州百姓却是异常仁慈，不但不杀人，甚至救济贫苦，威望比官家还高。“所到地方但令报水（即通报官府踪迹），而未尝杀人。有彻贫者，且以钱米与之。”

归顺明朝

荷兰人还不能统治环中国海。其原因是：东方海洋经济世界不是权力的空白。明朝官方从海洋退缩，海商和海盗成为海上的统治者。郑芝龙海上势力的日益扩张强盛，引起明朝统治者的恐惧，多次派兵追剿，但均失败。明政府既无力剿灭郑芝龙，又为了利用这支海上势力与荷兰人抗衡，镇压其他“海盗”，只好对郑芝龙施行绥抚。

天启七年（1627年），明廷起用曾经担任泉州知府的蔡善继任泉州巡海道，对郑芝龙进行招抚。郑芝龙率众到了泉州，见到了蔡善继。郑芝龙之弟郑芝虎、郑芝豹在会见后，认为朝廷没有诚意，于是鼓动郑芝龙等马上离开泉州，重新过起海上称雄的生活。

由于郑芝龙集团力量的大幅度发展，对荷兰殖民者也造成很大威胁，荷兰船只一在中国海露面，就为郑芝龙集团截获，为此，天启七年（1627年）还发生一场驻台荷军与郑军的战争，结果荷军败北。