台两岸事务主管部门负责人：赖幸媛
赖幸媛，女，1956年11月9日出生，台湾台中人。英国伦敦大学政治经济学院国际关系暨比较政治学硕士，英国苏塞克斯大学发展研究博士。
1996年任台湾经济研究院国际处处长，在台湾经济研究院内创设APEC研究中心；1997年至1999年，任中华台北亚太经济合作研究中心创办人兼负责人；1997年至2008年，任“国际商会台湾总会”秘书长；1999年9月，任台北市政府国际事务委员会委员；2000年6月至2004年5月任台当局“国家安全会议咨询委员”，并任“国外经贸小组”召集人；2004年12月当选台湾地区第6届“台湾团结联盟”不分区“立法委员”，还任台湾淡江大学国际企业经营系副教授；2008年5月20日，担任台当局“大陆委员会主任委员”；2008年10月13日，退出“台湾团结联盟”。2009年9月10日再次担任台当局“大陆委员会主任委员”。
台教育部门负责人：蒋伟宁
蒋伟宁(1958年—)，台湾知名土木工程学者，研究专长是桥梁管理、风险管理、地震工程、模糊逻辑。任教于中央大学土木工程学系结构组，是现任中央大学校长。2012年2月1日起出任第25任台当局“教育部长”。
相关人士指出，蒋伟宁在教育行政方面资历完整、经验丰富，是台湾教育界中壮世代的杰出人才，娴熟教育事务，过去也展现优秀的整合能力和全盘视野，足肩负重任，为马英九当局的第二任期打造优质文教环境。
台媒形容蒋伟宁“说话、走路都快，很有行动力”。
台农业主管部门负责人：陈保基
台大动物科学技术系教授陈保基今年60岁，台湾大学畜牧学系学硕士，美国康乃尔大学家禽学系博士，曾任“农委会畜牧处长”，农政经验丰富。
在今年“大选”期间，陈保基也曾以“救农业，需要新思维”投书媒体，反对“老农年金”一遇“大选”就加码。此外，他也担任国民党智库顾问，长期对农业政策提出建言，高层期许他未来能在“农委会”继续推动农业改革。
台“卫生署长”：邱文达
邱文达(1950年7月21日-)，现任台“行政院卫生署长”，中山医学院(现为中山医学大学)医学系毕业，在1985年进入台北医学大学医学系任教，2008年7月，同时接下台北医学大学第8任校长及双和医院院长。
据了解，邱文达出身于医生世家，父亲邱永聪曾经担任过宜兰县议会的议长，在台北医学大学担任神经外科医师曾获得第十七届“厚生医疗奉献奖”。曾历任社团法人台湾医务管理学会理事长、台北医学大学校长等。
台“劳委会主委”：王如玄
王如玄(1961年10月2日-)，知名律师，台湾大学法律系法学士、辅仁大学法律学研究所法学硕士、中国人民大学法学博士。长年致力于两性平权工作，关注于婚姻暴力、职场性别平等、职场性骚扰等议题。曾任新女性联合会秘书长、妇女新知基金会董事长、“行政院妇女权益促进委员”、台北市府市政顾问等职。现任“行政院劳工委员会主委”。
台交通部门负责人：毛治国
毛治国(1948年10月4日-)，国民党籍，美国麻省理工学院运输管理博士。初于新竹交通大学执教，后官至“交通部常务次长”。2008年，马英九当选台当局领导人后，同年4月21日，刘兆玄邀请毛治国加入行政团队，并于2008年5月20日起接掌“交通部”。2009年9月10日，自吴敦义行政团队组成后，毛治国继续掌“交通部”。曾历任“交通部次长”、中华电信董事长、“民航局长”等职。
台经济部门负责人：施颜祥
施颜祥(1950年3月24日-)，国民党籍，双姓施颜，台湾台中县人，现任“经济部长”。施颜祥系台湾大学化学系学士、美国麻省理工学院博士，1986年起加入“经济部”，历任科技顾问室(现技术处)顾问、副主任、主任、经济部技监、中小企业处处长、台湾省烟酒公卖局(现台湾烟酒公司)局长、工业局局长等职。2002年，施颜祥任“经济部常务次长”、2006年任“政务次长”，2008年又转回“常务次长”；拥有多年公职资历。2009年3月甫任台湾中油公司董事长，半年后即由“行政院长”吴敦义任为“经济部长”。
台“央行总裁”：彭淮南
赖幸媛，女，1956年11月9日出生，台湾台中人。英国伦敦大学政治经济学院国际关系暨比较政治学硕士，英国苏塞克斯大学发展研究博士。
1996年任台湾经济研究院国际处处长，在台湾经济研究院内创设APEC研究中心；1997年至1999年，任中华台北亚太经济合作研究中心创办人兼负责人；1997年至2008年，任“国际商会台湾总会”秘书长；1999年9月，任台北市政府国际事务委员会委员；2000年6月至2004年5月任台当局“国家安全会议咨询委员”，并任“国外经贸小组”召集人；2004年12月当选台湾地区第6届“台湾团结联盟”不分区“立法委员”，还任台湾淡江大学国际企业经营系副教授；2008年5月20日，担任台当局“大陆委员会主任委员”；2008年10月13日，退出“台湾团结联